Investigation of respiratory tract coinfections in Coronavirus disease 2019 infected and suspected cases
Habip Yilmaz1, Arzu Irvem2, Abdullah Emre Guner3, Cemal Kazezoglu4, Ali Kocatas51Department of Anesthesia and Reanimation, Bakirkoy Sadi Konuk Training and Research Hospital, Istanbul, Turkiye2Department of Microbiology, Kanuni Sultan Suleyman Training and Research Hospital, Istanbul, Turkiye
3Department of Public Health, Health Sciences University Hamidiye Faculty of Medicine, Istanbul, Turkiye
4Department of Biochemistry, Kanuni Sultan Suleyman Training and Research Hospital, Istanbul, Turkiye
5Department of General Surgery, Kanuni Sultan Suleyman Training and Research Hospital, Istanbul, Turkiye
OBJECTIVE: The aim of our study is to determine the risk of coinfection with COVID-19 due to the high prevalence of viral agents in Istanbul in autumn (September, October, and November) and winter (December and January) and to investigate the effects of age, gender, season and clinical features on the development of coinfection with COVID-19.
METHODS: In the routine studies of our hospital, COVID-19, reverse transcriptase polymerase chain reaction (RTA kit, Turkiye) and Multiplex PCR Bio-Fire (Bio Merieux Company, France) methods were studied from the nasopharyngeal swab sample and the data were recorded. A total of 400 people with a mean age (7.91±17.80) were included in the study by retrospective scanning.
RESULTS: Considering the virus distribution, Respiratory syncytial virus (RSV), COVID-19, rhino/entero virus did not show a significant difference in autumn and winter, while H. metapneumovirus, adeno virus, influenza A significantly higher rates were observed in winter months. Parainfluenza (1, 2, 3, 4) and Corona OC43 were detected at a higher rate in autumn compared to other viruses. Double and triple coinfection rates with other viral agents were high for 2 years and younger.
CONCLUSION: The risk of coinfection of COVID-19 with influenza A, RSV, parainfluenza, and rhino/entero virus was found to be higher than other viral agents. Especially in winter, the risk of co-infection with influenza A and COVID-19 increases. In terms of treatment management, coinfection should be investigated in risky patients and influenza a vaccine should be offered to risky groups.
COVID 19 enfekte ve şüpheli vakalarda solunum yolu koenfeksiyonlarının araştırılması
Habip Yilmaz1, Arzu Irvem2, Abdullah Emre Guner3, Cemal Kazezoglu4, Ali Kocatas51Bakırköy Sadi Konuk Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Anestezi ve Reanimasyon Bölümü, İstanbul2Kanuni Sultan Süleyman Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Bölümü, İstanbul
3Sağlık Bilimleri Üniversitesi Hamidiye Tıp Fakültesi, Halk Sağlığı Bölümü, İstanbul
4Kanuni Sultan Süleyman Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Biyokimya Anabilim Dalı
5Kanuni Sultan Süleyman Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Genel Cerrahi Kliniği, İstanbul
Amaç: Çalışmamızın amacı İstanbul'da sonbahar (eylül, ekim, kasım) ve kış (aralık,ocak) aylarında viral etkenlerin yüksek prevalansı nedeniyle COVID 19 ile koenfeksiyon riskini belirlemektir. COVID 19 ile koenfeksiyonun gelişmesi üzerine yaş, cinsiyet, mevsim ve klinik özelliklerin etkilerini araştırmaktır.
Metod: Hastanemiz rutin çalışmalarında nazofaringeal sürüntü örneğinden COVID 19, Ters Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT PCR) (RTA kiti, Türkiye) ve Multiplex PCR Bio-Fire (Bio Merieux şirketi, Fransa) yöntemleri ile çalışılmış ve veriler kaydedildilmiştir. Retrospektif tarama ile çalışmaya yaş ortalaması (7,91±17,80) olan toplam 400 kişi dahil edilmiştir.
Sonuç: Virus dağılımına bakıldığında, Respiratuar sinsitiyal virus (RSV), COVID 19, rhino/entero virüs sonbahar ve kış aylarında anlamlı farklılık göstermezken, H.metapneumovirus, adeno virüs, influenza A kış aylarında diğerlerine göre anlamlı derecede yüksek oran da görülmüştür. Parainfluenza (1,2,3,4) ve Corona OC43 sonbaharda diğer viruslara oranla daha yüksek oranda tespit edilmiştir. Diğer viral ajanlarla ikili ve üçlü koenfeksiyon oranları 2 yaş ve altı için yüksek oranda tespit edilmiştir.
Tartışma: COVID 19 un influenza A, RSV, parainfluenza ve rhino/entero virüsü ile koenfeksiyon riski diğer viral ajanlara oranla daha yüksek tespit edilmiştir. Özellikle kış aylarında influenza A ile COVID 19 koenfeksiyon riski artmaktadır. Tedavi yönetimi açısından riskli hastalarda koenfeksiyon mutlaka araştırılmalı ve riskli gruplara influenza A aşısı önerilmelidir. (NCI-2022-6-21/R1)
Manuscript Language: English