Comprehensive analysis of antibiotic resistance in Enterobacteriaceae from outpatient urine cultures: Implications for empirical therapy

Objective: Urinary tract infections (UTIs) are among the most common bacterial infections. The misuse of antibiotics is one of the factors contributing to the global increase in antimicrobial resistance (AMR), making the management of UTIs more challenging. Our study aims to evaluate the causative agents of UTIs and the factors influencing resistance, as well as to identify antibiotics that can be used in the outpatient treatment of patients diagnosed with UTIs.
Method: This retrospective study was conducted by collecting urine sample results between 2015-2023. The culture results of the urine samples and the results of the antibiotic sensitivity tests of the Enterobacteriaceae isolates were analyzed. Antimicrobial susceptibilities of the isolates were defined using the VITEK®2 Compact system (bioMérieux, Marcyl'Etoile, France) and PheonixTM(Becton-Dickinson, NJ, USA). All sensitivity statuses were determined according to EUCAST standards. Data analysis was conducted using SPSS software version 23.
Results: 1842 culture results were included. 71.5% of the included samples were from women, and the average age of the cases was 63±18. The most commonly grown agent in urine cultures is Escherichia coli. The resistance profile of the Enterobacteriaceae to antibacterial agents was examined, and it was found that the highest resistance rates were against ampicillin(77.92%), cefazolin(52.36%), ciprofloxacin(49.5%), and trimethoprim/sulfamethoxazole(45.5%), while the lowest resistance rates were against meropenem(4.9%), amikacin(7.6%), fosfomycin(11.4%), and nitrofurantoin(11.6%). Comparing resistance rates before and after 2019, a significant increase in resistance to amikacin and nitrofurantoin was observed(p=<0.001). It was found that resistance rates were higher in urine samples from male cases.
Conclusion: Our study revealed that patients should be carefully evaluated in terms of the necessity of culture requests and patients should be informed about culture requests due to the high rate of non-growth and contamination in urine culture results. The high rates of antimicrobial resistance were detected, and the outpatient treatment options of UTI patients are narrowing which can increase hospital admission rates. Our study is important because it shows that nitrofurantoin and fosfomycin can be included in the outpatient and empirical treatment of UTI patients.

Ayaktan tedavi edilen hastaların idrar kültürlerinde Enterobacteriaceae spp. antibiyotik direncine kapsamlı analiz: Ampirik tedaviye etkileri

Amaç: İdrar yolu enfeksiyonları (İYE), bakteriyel enfeksiyonlar arasında en yaygın görülen enfeksiyonlardır. Antibiyotiklerin yanlış kullanımı, dünya çapında antimikrobiyal direncin (AMD) artmasına katkıda bulunan faktörlerden biridir. Artan AMD oranları, İYE yönetimini zorlaştırmaktadır. Çalışmamızda, idrar yolu enfeksiyonlarına neden olan etkenlerin ve direnci etkileyen faktörlerin değerlendirilmesi ve İYE tanısı alan hastaların ayaktan tedavisinde kullanılabilecek antibiyotiklerin belirlenmesi amaçlanmıştır.
Method: Bu retrospektif gözlemsel çalışmada 2015-2023 tarihleri arasında Enfeksiyon Hastalıkları Polikliniğine başvuran hastaların idrar kültürü sonuçları incelenerek, Entererobacteriacea izolatlarının antibiyotik duyarlılık testlerinin sonuçları analiz edilmiştir. Tür tanımlaması, konvansiyonel yöntemler,VITEK®2 Compact (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Fransa) ve matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS)(Bruker Daltonics, Bremen, Germany) ile yapılmıştır. İzolatların antimikrobiyal duyarlılıkları VITEK®MS otomatize sistemi (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Fransa) kullanılarak tanımlanmıştır. Antibiyotik duyarlılık sonuçları EUCAST standartlarına göre değerlendirilmiştir. Veri analizi, SPSS software version 23 kullanılarak yapılmış, p <0.05 anlaml kabul edilmiştir. Bulgular: Klinik bulgulara bakılmaksızın ayaktan polikliniğe başvuran hastalardan toplam 303.624 idrar kültür sonuçları incelenmiştir. Kültür sonuçlarının %73’ünde üreme saptanmazken, üreme olan 82.061 hastanın %55,3’ünde kontaminasyon düşünülerek kültür tekrarı önerilmiştir. Dahil edilme kriterlerine uyan 2176 farklı kişiden alınan 2311 idrar kültürü antibiyogram sonucu değerlendirip çalışma kriterlere uygun 1842 kültür sonucu çalışmaya dahil edilmiştir. Dahil edilen örneklerin %71.5 ‘i kadınlara ait olup, olguların ortalama yaşı 63 ±18 ‘dür. İdrar kültürlerinde en sık üreyen etken Escherichia coli olarak saptanmıştır. Enterobacteriaceae ailesinin antibakteriyel ajanlara karşı direnç profili incelenmiş, en yüksek direnç oranları sırasıyla ampisilin (77.92%), sefazolin (%52.36), siprofloksasin (%49.5), trimetoprim/sulfametoksazol (%45.5)’e karşı saptanırken, en düşük direnç oranları meropenem (%4.9), amikasin (%7.6), fosfomisin (%11.4) ve nitrofurantoin (%11.6)’ e karşı saptanmıştır. 2019 yılı öncesi ve sonrası direnç oranları karşılaştırıldığında amikasin ve nitrofurontain direncinde anlamlı artış olduğu saptanmıştır(p=<0.001). Erkeklerin idrar örneklerinde direnç oranları daha yüksek saptanmıştır.
Sonuç: İdrar kültürlerinde yüksek oranda üreme olmama ve kontaminasyonla uyumlu sonuçlar saptanması, hastaların kültür istemi gerekliğinin dikkatli değerlendirilmesi ve kültür istemi yapılan hastaların bilgilendirilmesi gerektiğini ortaya koymuştur. AMD, İYE hastalarının ayaktan tedavi seçeneklerini daralmakta ve hastane yatış oranlarını artırabilmektedir. Çalışmamız nitrofurontain ve fosfomisinin İYE hastalarının ayaktan ve ampirik tedavisinde yer alabileceğini göstermesi nedeniyle önemlidir. (NCI-2023-12-11)