Comprehensive analysis of antibiotic resistance in Enterobacteriaceae from outpatient urine cultures: Implications for empirical therapy

Objective: Urinary tract infections (UTIs) are among the most common bacterial infections. The misuse of antibiotics is one of the factors contributing to the global increase in antimicrobial resistance (AMR), making the management of UTIs more challenging. Our study aims to evaluate the causative agents of UTIs and the factors influencing resistance, as well as to identify antibiotics that can be used in the outpatient treatment of patients diagnosed with UTIs.
Method: This retrospective study was conducted by collecting urine sample results between 2015-2023. The culture results of the urine samples and the results of the antibiotic sensitivity tests of the Enterobacteriaceae isolates were analyzed. Antimicrobial susceptibilities of the isolates were defined using the VITEK®2 Compact system (bioMérieux, Marcyl'Etoile, France) and PheonixTM(Becton-Dickinson, NJ, USA). All sensitivity statuses were determined according to EUCAST standards. Data analysis was conducted using SPSS software version 23.
Results: 1842 culture results were included. 71.5% of the included samples were from women, and the average age of the cases was 63±18. The most commonly grown agent in urine cultures is Escherichia coli. The resistance profile of the Enterobacteriaceae to antibacterial agents was examined, and it was found that the highest resistance rates were against ampicillin(77.92%), cefazolin(52.36%), ciprofloxacin(49.5%), and trimethoprim/sulfamethoxazole(45.5%), while the lowest resistance rates were against meropenem(4.9%), amikacin(7.6%), fosfomycin(11.4%), and nitrofurantoin(11.6%). Comparing resistance rates before and after 2019, a significant increase in resistance to amikacin and nitrofurantoin was observed(p=<0.001). It was found that resistance rates were higher in urine samples from male cases.
Conclusion: Our study revealed that patients should be carefully evaluated in terms of the necessity of culture requests and patients should be informed about culture requests due to the high rate of non-growth and contamination in urine culture results. The high rates of antimicrobial resistance were detected, and the outpatient treatment options of UTI patients are narrowing which can increase hospital admission rates. Our study is important because it shows that nitrofurantoin and fosfomycin can be included in the outpatient and empirical treatment of UTI patients.

Ayaktan tedavi edilen hastalarýn idrar kültürlerinde Enterobacteriaceae spp. antibiyotik direncine kapsamlý analiz: Ampirik tedaviye etkileri

Amaç: Ýdrar yolu enfeksiyonlarý (ÝYE), bakteriyel enfeksiyonlar arasýnda en yaygýn görülen enfeksiyonlardýr. Antibiyotiklerin yanlýþ kullanýmý, dünya çapýnda antimikrobiyal direncin (AMD) artmasýna katkýda bulunan faktörlerden biridir. Artan AMD oranlarý, ÝYE yönetimini zorlaþtýrmaktadýr. Çalýþmamýzda, idrar yolu enfeksiyonlarýna neden olan etkenlerin ve direnci etkileyen faktörlerin deðerlendirilmesi ve ÝYE tanýsý alan hastalarýn ayaktan tedavisinde kullanýlabilecek antibiyotiklerin belirlenmesi amaçlanmýþtýr.
Method: Bu retrospektif gözlemsel çalýþmada 2015-2023 tarihleri arasýnda Enfeksiyon Hastalýklarý Polikliniðine baþvuran hastalarýn idrar kültürü sonuçlarý incelenerek, Entererobacteriacea izolatlarýnýn antibiyotik duyarlýlýk testlerinin sonuçlarý analiz edilmiþtir. Tür tanýmlamasý, konvansiyonel yöntemler,VITEK®2 Compact (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Fransa) ve matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS)(Bruker Daltonics, Bremen, Germany) ile yapýlmýþtýr. Ýzolatlarýn antimikrobiyal duyarlýlýklarý VITEK®MS otomatize sistemi (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Fransa) kullanýlarak tanýmlanmýþtýr. Antibiyotik duyarlýlýk sonuçlarý EUCAST standartlarýna göre deðerlendirilmiþtir. Veri analizi, SPSS software version 23 kullanýlarak yapýlmýþ, p <0.05 anlaml kabul edilmiþtir. Bulgular: Klinik bulgulara bakýlmaksýzýn ayaktan polikliniðe baþvuran hastalardan toplam 303.624 idrar kültür sonuçlarý incelenmiþtir. Kültür sonuçlarýnýn %73’ünde üreme saptanmazken, üreme olan 82.061 hastanýn %55,3’ünde kontaminasyon düþünülerek kültür tekrarý önerilmiþtir. Dahil edilme kriterlerine uyan 2176 farklý kiþiden alýnan 2311 idrar kültürü antibiyogram sonucu deðerlendirip çalýþma kriterlere uygun 1842 kültür sonucu çalýþmaya dahil edilmiþtir. Dahil edilen örneklerin %71.5 ‘i kadýnlara ait olup, olgularýn ortalama yaþý 63 ±18 ‘dür. Ýdrar kültürlerinde en sýk üreyen etken Escherichia coli olarak saptanmýþtýr. Enterobacteriaceae ailesinin antibakteriyel ajanlara karþý direnç profili incelenmiþ, en yüksek direnç oranlarý sýrasýyla ampisilin (77.92%), sefazolin (%52.36), siprofloksasin (%49.5), trimetoprim/sulfametoksazol (%45.5)’e karþý saptanýrken, en düþük direnç oranlarý meropenem (%4.9), amikasin (%7.6), fosfomisin (%11.4) ve nitrofurantoin (%11.6)’ e karþý saptanmýþtýr. 2019 yýlý öncesi ve sonrasý direnç oranlarý karþýlaþtýrýldýðýnda amikasin ve nitrofurontain direncinde anlamlý artýþ olduðu saptanmýþtýr(p=<0.001). Erkeklerin idrar örneklerinde direnç oranlarý daha yüksek saptanmýþtýr.
Sonuç: Ýdrar kültürlerinde yüksek oranda üreme olmama ve kontaminasyonla uyumlu sonuçlar saptanmasý, hastalarýn kültür istemi gerekliðinin dikkatli deðerlendirilmesi ve kültür istemi yapýlan hastalarýn bilgilendirilmesi gerektiðini ortaya koymuþtur. AMD, ÝYE hastalarýnýn ayaktan tedavi seçeneklerini daralmakta ve hastane yatýþ oranlarýný artýrabilmektedir. Çalýþmamýz nitrofurontain ve fosfomisinin ÝYE hastalarýnýn ayaktan ve ampirik tedavisinde yer alabileceðini göstermesi nedeniyle önemlidir. (NCI-2023-12-11)